EC-cubeには複数のテンプレートが用意してあり、販売する商品やブランド色に合わせてECサイトのデザインを選択することができます。また、既存のテンプレートに留まらず、プラグインの導入やCSS編集等により自由度の高いカスタマイズも可能です。無料（ドメインやサーバー費用は別途）で開始できる点も人気の理由のひとつです。

EC-cubeは、技術者以外のユーザーにもできるだけ簡単に制作・更新・運営ができるシステムを提供するべく、次々とバージョンを進化させています。稀に脆弱性等もでてきますが、開発コミュニティサイトがあり、EC-cubeを運営している人々がエラー報告や質問や回答ができるので早い解決に結びつきます。

ショッピングモール（ヤフーショッピングや楽天など）は月額が発するケースがほとんどです。それに比べてEC-cubeは、オープンソース（ソースコードが公開され無料でダウンロードできる）でカスタマイズも自由なので、ECサイトを運営するにはまず始めやすい内容となっています。

EC-cubeのSEOは、無料の公式プラグインや有料プラグインがあり、Googleサーチコンソールとの連携や、タイトル・ディスクリプション・alt設定などの細かな設定も可能です。